O regimento interno do CEPI, estabelece que às Câmaras Temáticas do Conselho, compete:

• Realizar estudos, apresentar proposições, apreciar e relatar as matérias que lhes forem distribuídas; 
• Requerer informações que lhes forem úteis para melhor apreciação da matéria;
• Realizar visitas de observação mediante aprovação do Conselho, com participação paritária entre os membros da sociedade civil e poder público, de acordo com as orientações do protocolo de visitas; e 
• Convidar, manifestada a prévia necessidade, entidades, cientistas, técnicos e personalidades para colaborarem em estudos ou participarem como consultores na apreciação das matérias. 

O CEPI possui 3 câmaras permanentes:

• Educação: 

Tem como pauta: a) Educação escolar e universitária indígena e as especificidades pedagógicas e étnicas; b) Cultura: inclusão dos povos indígenas na criação de projetos culturais e desenvolvimento de estratégias para o reconhecimento cultural; e c) Esporte: convencionais, étnicos e recreação.

• Território, Moradia e Meio Ambiente: 

Debate questões associadas a: a) gestão territorial e ambiental para o desenvolvimento sustentável; e b) Saúde: promoção, proteção, recuperação e distribuição de responsabilidade da saúde indígena;

• Direitos Humanos e Direitos Específicos: 

Que analisa demandas e discussões sobre as políticas dentro do novo contexto jurídico e o enfrentamento às violências contra as mulheres indígenas.