O Conselho se organiza por Plenário, Presidência, Secretaria Executiva e Câmaras Temáticas, tendo funcionamento regularmente por meio de reuniões ordinárias bimestrais estabelecidas no calendário anual, e reuniões extraordinárias, convocadas em conformidade com o Regimento Interno do Conselho.

O Plenário é a instância de deliberação do Conselho e a ele compete analisar e aprovar todas suas ações. Além disso, realiza recomendações, moções e pareceres acerca das Políticas Públicas para os Povos Indígenas do Paraná. 

À Presidência do CEPI compete representar o conselho junto às autoridades, órgãos e entidades, convocar e presidir as reuniões, dirigir as atividades do Conselho, convocar reuniões extraordinárias sempre que surgir assuntos que exigem urgência de deliberações, entre outros. 

As Câmaras Temáticas, podem ser permanentes ou temporárias, destinadas ao estudo, elaboração de propostas, avaliação e acompanhamento de questões e temas específicos. Quando constituídas deve constar sua finalidade, composição, indicando coordenação e relatoria, prazos e demais aspectos acerca de seu funcionamento. Na atualidade, o CEPI conta com 3 Câmaras permanentes: Educação; Território, Moradia e Meio Ambiente; e Direitos Humanos e Direitos Específicos.  

As reuniões do CEPI ocorrem em formato híbrido, para favorecer a maior participação das pessoas Conselheiras. Usualmente, são sediadas em Curitiba, cabendo à Secretaria de Estado da Mulher, Igualdade Racial e Pessoa Idosa - SEMIPI o custeio do deslocamento das pessoas Conselheiras que representam a Sociedade Civil - lideranças indígenas. As reuniões do CEPI podem ocorrer de forma descentralizada pelo estado do Paraná, conforme deliberação da Plenária.

A Secretaria Executiva do CEPI, responsável pelo apoio técnico, administrativo e de infraestrutura ao Conselho, é exercida por pessoa profissional designada pela SEMIPI, em ato próprio. À ela compete providenciar a convocação, organizar e secretariar as sessões, elaborar ofícios, correspondências e atas, e proceder os devidos encaminhamentos. Complementarmente, a Secretaria atua junto à Presidência auxiliando nos despachos e andamentos dos assuntos/ou processos pertinentes ao Conselho.